脏腑系统以五脏为中心，有天脏、地脏、人脏之分，又有形脏和神脏之别。《内经》前九篇中经历了由四脏到五脏、九脏，再到十一脏、十二脏的天、天地、天地人演变的整个过程，脏腑系统的功能也经历了单纯的主精气生藏化用，到“转味入出”功能的加入，再到人气、人神的出现。天脏为地脏、人脏之主，五脏为六腑之主。
六腑运化水谷为人体提供能量来源，五脏主导人体精气的生藏化用，共同维持个体与天地气交以完成生命最根本的目标——天人相应。前者以后者为本，脏统腑。脏腑天地阴阳之性通透之要在于四象、五行与六节概念的明晰以及功能异用的转化。
四象四脏功能要点如下：①“求其至也，皆归始春”。少阳主发陈，“春三月，此谓发陈，天地俱生”，肝为一身发陈之主。夏三月，此为蕃秀，天地气交”，太阳通明身之内外，宣布营卫血气，外统经脉血脉、内主五脏，周身而无处不达，心为一身长盛之主。秋三月，此谓容平，天气以急，地气以明”，太阴乃天脏，阻遏太阳之气。心与肺主阳之开合，肺朝百脉主治节，分判人身气机而领一身之降，肺为一身收之主。④“冬三月，此谓闭藏，水冰地坼”，少阴蛰藏，主水，藏五脏六腑之精而为一身之根，肾为一身藏之主。
《内经》中最早系统论述脏腑之全部在《灵兰秘典论》中，其统论周身十二脏腑为十二官，主在心。但难解之处有两点：一是脾胃统为一官，一是独列膻中为一官。《灵兰秘典论》：“膻中者，臣使之官，喜乐出焉。脾胃者，仓廪之官，五味出焉。”脾胃为何要并列为一官，因为中医所言的脾在解剖学上是找不到的。中医的脾不是西医的脾，西医的脾只是个淋巴器官，而中医的脾则是生命状态下胃肠系统功能活动后产生出的一个神脏，脾无形而结构上依附于胃肠系统，故《灵兰秘典论》将脾胃统为一官。在《伤寒论》中，仲景将脾的功能归在太阴，胃的功能归在阳明，阳明、太阴皆是胃肠消化系统的功能表达。简而言之，脾胃是解剖结构上的一家，功能气化上的两个系统即太阴和阳明，合则为中，病则分太阴病和阳明病。
膻中，胸中也。膻中乃人气所上聚的位置，并未有实质性的脏腑与之对待，膻中和三焦一样都是有名无形的功能气化结构。后人依十二经脉之名，将膻中对等于实质结构的“心包”，如张介宾在《类经》中所言“按十二经表里，有心包络而无膻中”，其实这违背了《内经》的原旨，心包有名有形，膻中之脏有名无形。在现代医学中，心包就是包心脏外面的一层薄膜，心包和心脏壁的中间有浆液，功能上只是起到润滑心肌，使心脏活动时不跟胸腔摩擦而受伤的作用。而诸如手厥阴心包经病候所言的“是动则病手心热，臂肘挛急，腋肿，甚则胸胁支满，心中憺憺大动，面赤，目黄，喜笑不休”等，皆是心主神明失常的较严重的病候，绝非现代医学如心包炎之类疾病的症状。膻中是从五行之五脏九脏，过渡到六节周身全部脏腑时化生出的，属天地之脏所生的人气之脏，人生而有之，死则无。在《三部九候论》中不言膻中而直接言胸中之气，其实一也。“帝曰：中部之候奈何？岐伯曰：亦有天，亦有地，亦有人。天以候肺，地以候胸中之气，人以候心。”膻中根于肝。