具有典型的临床症状和内镜表现的患者，通过粪便检查除外感染性因素后可以诊断UC。如果结直肠炎症明确，且结直肠上皮活检提示慢性改变，包括隐窝结构紊乱伴有急性炎性改变的隐窝炎、隐窝脓肿和血浆淋巴细胞渗透在固有层，可以确诊本病。然而，在起病初期诊断可能有一定难度，需除外各类感染性肠炎。超过40％的未分类炎症性肠病（IBD）患者（未确定型结肠炎）最终还是发展为UC。相反，小部分患者（5％）开始被认为是UC，但最终确诊为克罗恩病。由于这两种疾病的病程、并发症和治疗方法不同，所以明确诊断的重要性不言而喻。